Effect of sequence filtering on the assembly of the Bacillus altitudinis genome isolated from Ilex paraguariensis

Acta Biológica Colombiana

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Title Effect of sequence filtering on the assembly of the Bacillus altitudinis genome isolated from Ilex paraguariensis
EFECTO DEL FILTRADO DE SECUENCIAS EN EL ENSAMBLADO DEL GENOMA DE Bacillus altitudinis AISLADO DE Ilex paraguariensis
 
Creator Cortese, Ileana Julieta
Castrillo, María Lorena
Zapata, Pedro Dario
Laczeski, Margarita Ester
 
Subject análisis de secuencias
biología computacional
control de calidad
genomas bacterianos
biología
bacteriología
genética
biotecnología
bacterial genome
computational biology
quality control
sequence analysis
biology
bacteriology
genetics
biotechnology
 
Description Regardless of the type of technology applied to genome sequencing, sequence filtering is an essential step, where those low-quality readings or part of them are eliminated. In an assembly, the construction of a genome is carried out from the union of short readings in contigs. Some assemblers measure the relationship between sequences of a fixed length (k-mer) that can be affected by the presence of low-quality sequences. A common approach to evaluating assemblies is based on the analysis of the number of contigs, the length of the longest contig, and the value of N50 defined as the length of the contig representing 50 % of the length of the assembly. In this context, the present study aimed to evaluate the effect of the use of raw and filtered reads on the values of the quality parameters obtained in the assembly of the genome of the Bacillus altitudinis 19RS3 strain isolated from Ilex paraguariensis. The quality analysis of both starting files was performed with the FastqC software and the readings were filtered with the Trimmomatic software. The SPAdes software was used for the assembly and the QUAST tool for its evaluation. The best assembly for B. altitudinis19RS3 was obtained from the filtered readings with the value of k-mer 79, which generated 16 contigs greater than 500 bp with an N50 of 931 914 bp and the longest contig of 966 271 bp.
Sin importar el tipo de tecnología aplicada para la secuenciación de un genoma, el filtrado de secuencias es un paso esencial, en el cual aquellas lecturas de baja calidad o parte de estas son eliminadas. En un ensamblado la construcción de un genoma se realiza a partir de la unión de lecturas cortas en cóntigos. Algunos ensambladores miden la relación que existe entre secuencias de una longitud fija (k-mer) que puede verse afectada por la presencia de secuencias de baja calidad. Un enfoque común para evaluar los ensamblados se basa en el análisis del número de cóntigos, la longitud del cóntigo más largo y el valor de N50, definido como la longitud del cóntigo que representa el 50 % de la longitud del conjunto. En este contexto, el presente estudio tuvo como objetivo evaluar el efecto del uso de lecturas crudas y filtradas en los valores de los parámetros de calidad obtenidos en el ensamblado del genoma de la cepa de Bacillus altitudinis19RS3 aislada de Ilex paraguariensis. Se realizó el análisis de calidad de ambos archivos de partida con el softwareFastqC y se filtraron las lecturas con el softwareTrimmomatic. Para el ensamblado se utilizó el softwareSPAdes y para su evaluación la herramienta QUAST. El mejor ensamblado para B. altitudinis19RS3 se obtuvo a partir de las lecturasfiltradas con el valor dek-mer 79, que generó 16 cóntigos mayores a 500 pb con un N50 de 931 914 pb y el cóntigo más largo de 966 271 pb.
 
Publisher Universidad Nacional de Colombia - Sede Bogotá - Faculdad de Ciencias - Departamento de Biología
 
Date 2021-01-15
 
Type info:eu-repo/semantics/article
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
 
Format application/pdf
 
Identifier https://revistas.unal.edu.co/index.php/actabiol/article/view/86406
10.15446/abc.v26n2.86406
 
Source Acta Biológica Colombiana; Vol. 26 Núm. 2 (2021); 170 - 177
Acta Biológica Colombiana; Vol. 26 No. 2 (2021); 170 - 177
1900-1649
0120-548X
 
Language spa
 
Relation https://revistas.unal.edu.co/index.php/actabiol/article/view/86406/77680
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