ANALISIS IN SILICO PERANCANGAN crRNA CRISPR DENGAN TARGET SEKUENS PENYANDI SQUALENE SYNTHASE PADA Artemisia annua Linn.

Scripta Biologica

View Publication Info
 
 
Field Value
 
Title ANALISIS IN SILICO PERANCANGAN crRNA CRISPR DENGAN TARGET SEKUENS PENYANDI SQUALENE SYNTHASE PADA Artemisia annua Linn.
 
Creator Pranata, Ivan Tjahja
 
Subject agriculture biotechnology; genome editing
crRNA, SQS, E-CRISP, CRISPRdirect, knockout
plant biotechnology
 
Description Artemisinin adalah salah satu jenis fitofarmaka yang penting oleh karena beberapa potensi medisnya. Meskipun demikian, produktivitas Artemisia annua di Indonesia secara umum masih berkisar di bawah 0,5% sehingga secara komersial belum layak untuk dibudidayakan. Salah satu faktor utama yang menghambat produktivitas artemisinin adalah keberadaan gen SQS yang berkompetisi dengan gen ADS dalam penggunaan susbtrat farnesil difosfat. Kompetisi ini menurunkan kadar prekursor kunci bagi pembentukan senyawa artemisinin. Teknik penyuntingan genom CRISPR berbasis non-GMO dapat diaplikasikan untuk mengatasi hambatan ini. Mekanisme knockout yang disebabkan oleh sistem CRISPR pada gen SQS dapat menekan tingkat kompetisi substrat yang terjadi pada jalur biosintesis artemisinin sehingga diharapkan meningkatkan kadar artemisinin. Sebelum dilakukan transformasi secara in vitro, perlu dilakukan analisis in silico untuk pembuatan model crRNA sintetis. Dalam penelitian ini, digunakan 2 jenis perangkat lunak berbasis bioinformatika yaitu E-CRISP dan CRISPRdirect untuk pelacakan on-target dan off-target. Berdasarkan hasil perancangan yang telah dilakukan, 10 desain crRNA sintetis berhasil dibentuk dengan model crRNA_F5 sebagai desain yang paling optimal. Model crRNA_F5 ini memiliki sekuens protospacer 5’- GGTGTAGTCAAATTGAGACG-3’ dan sekuens PAM 5’-TGG-3’. Pemilihan desain crRNA_F5 dipertimbangkan dari nilai efficacy sebesar 78.57, skor Doench dan skor Xu tertinggi, serta minimalisasi jumlah off-target pada sekuens 8mer pada jumlah 259. Model ini sama sekali tidak memiliki off-target pada sekuens 20mer dan 12mer.
 
Publisher Fakultas Biologi | Universitas Jenderal Soedirman
 
Contributor Satya Wacana Christian University
 
Date 2020-02-14
 
Type info:eu-repo/semantics/article
info:eu-repo/semantics/publishedVersion


in silico approach
 
Identifier https://journal.bio.unsoed.ac.id/index.php/scribio/article/view/1105
10.20884/1.sb.2019.6.4.1105
 
Source Scripta Biologica; Vol 6, No 4 (2019)
Scripta Biologica; Vol 6, No 4 (2019)
2355-3138
 
Language id
 
Coverage


 
Rights Copyright (c) 2020 Ivan Tjahja Pranata
http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0
 

Contact Us

The PKP Index is an initiative of the Public Knowledge Project.

For PKP Publishing Services please use the PKP|PS contact form.

For support with PKP software we encourage users to consult our wiki for documentation and search our support forums.

For any other correspondence feel free to contact us using the PKP contact form.

Find Us

Twitter

Copyright © 2015-2018 Simon Fraser University Library